Це руйнування і видалення каменів нирок за допомогою ендоскопу проведеного через прокол на шкірі безпосередньо в нирку. Показником для застосування даного методу є неефективність або неможливість проведення дистанційної літотрипсії , великі й коралоподібні камені нирок. ПНЛ крім ефективного видалення каменів з успіхом може бути доповнена усуненням структури мисково-сечовідного сегменту. При кораловидних каменях часто застосовуються ПНЛ в поєднанні з ДЛТ . Показник ускладнень при використанні ПНЛ низький, метод менш травматичний , ніж відкрите оперативне втручання. Перкутанна нефролітотрипсія є надзвичайно ефективним методом одноразового видалення великих каменів нирок .